[材料]XRD分析软件JADE 5.0的应用

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[材料]XRD分析软件JADE 5.0的应用
每次给大家讲一点JADE 5.0的应用 （转自材料科学论坛）
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7 w0 `, E5 _, }0 C我初来乍到这个论坛，便为它里面的热烈气氛所感染，为达众人拾柴火焰高的效果，我将尽力抽出时间拿出我在XRD方面的经验知识与大家共享，更盼能起到抛砖引玉之效果。
3 Z+ `7 W" p8 A  D相对于其它XRD分析软件，JADE系列软件应该说是做的最好的（绝无做广告之意），它囊括了从定性，指标化，峰型拟合（JADE5.0）到无标定量，晶体结构分析（Jade6.0）等一系列的功能。我个人以为，只要有Jade5.0就够了，至于后面两项功能，最好是用其它免费软件执行（在www.ccp14.ac.uk上应有尽有），傻瓜相机虽然好用，但要拍出好照片，还是专业相机好。
1.Jade5.0的安装和设置
+ ^4 E) V/ b8 h% I8 |2 \Jade5.0都是自动安装的，这不成问题。要把PDF卡片引入，先将ICDD的光盘插入，然后pdf/setup/select all/,其它按提示进行。
可以对优选项进行设置：EDIT/preference/,里面包括了对显示窗口的设置，仪器参数的设置，打印输出的设置等，一般来说按默认就行，我本人则喜欢将MISC栏里的“Materials Data, Inc.”改为我自己的大名，哈哈。
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大家有什么不清楚的地方请直接回复，我也好有的放矢。

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8 @4 b! V, `. A7 b! B& tNo2 数据的输入
Jade软件可以直接读取Rigaku、Bruker、Philips、Scintag等很多衍射仪的原始数据。打开File\patterns,将出现如附件中所示画面，先（I）找到你文件位置，从（III）的下拉框中选择你的数据格式，按（II）选择。很多仪器输出文件的格式都是*.raw,实际上都是不一样的，但格式选错了也没关系，软件会给你自动转到合适的格式中去的。
" x# `# [! M2 H' H高级一点的：有一些数据格式在（III）的下拉框中没有，比如最常见的txt，xy等，此时你可以自己动手设置，在以上的数据输入面板中，点击工具栏上的“import",进入格式设置画面，如附件所示，a区为注释区，b区为数据格式区，对于最简单的一列角度，一列强度的数据格式，a区不用填写，b区在”angle column“前打上勾，数据从第1行开始读，每行1列数据，强度数据从第8行开始（角度不算），角度从1至6列，所得数据格式即为附件中所示的数据格式。你也可以按照自己的数据格式进行自由改动，如果a区中表明第1行有说明文字，则数据从第2行读入，相应在b区就将data starts改成2。
做完上面的工作后，将文件后缀改为你的数据后缀（箭头所指），再将该格式保存下来便可大功告成了。
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- i: T+ p! Q( H6 g; \! I我由于嫌麻烦，没有去和英文说明书进行对照，因此可能有纰漏或不当之处，请大家最终以说明书为准。以后的也是如此！！！


  D4 T  w. G0 K! a4 zNo 3 基本功能使用：平滑，扣背底
一张XRD图谱出来，往往因为有空气散射，漫散射，荧光以及样品结晶差等等原因而造成图谱上存在许多“毛刺”和较高的背底，虽然提高X光强度能成倍提高信噪比，然而有时受仪器和样品所限，这两项功能需要用到。但根据我个人的经验，要尽量少使用平滑和扣背底，因为这两项操作带来的可能后果就是将一些微弱的有用信息一概抹掉了，特别注意的是，如果将数据用来做Rietveld精修，更不要进行这两项操作。当然，如果是将图谱打印出来给别人看，适当进行平滑和扣背底也是个不错的选择。
1 平滑
* [1 q' y# B( Y" {) s- W* t打开Filters/smooth pattern或在快捷工具栏中右键点击也可。随后将出现一个悬浮框，最上面的一栏中方块可以直接用鼠标拖动，大家试试看图谱会有什么变化，拖到什么位置，根据情况而定，我的经验是将方块拖到尖峰的底部出现倒生的毛刺之前。再下面有“parabolic filter"和”quartic filter"的选择，选择后一个的效果稍好。再下面还有选择框，我一般都不管它。作完以上操作后，再用鼠标左键点击快捷工具栏中的平滑图标即可。
2 G  m3 q9 p9 Y: q: |! f2 扣背底
打开analyze/fit background或在快捷工具栏中右键点击也可。随后也出现一个如附件中所示的悬浮框，（I）处所示代表了背底拟合的级数，点击越靠前，该级数越高，也可在右边选择是一次拟合，抑或二次和三次拟合，试情况而定，背底偏离线性越远，则拟合的级数要求越高。
* g# D/ Y  `3 D( K+ E背底曲线用黄线表示，红点代表了背底在局部的最高点，左键点击图谱上的某一处便可在此处添加红点，右键点击红点可以消除该点。背底是否拟合好要靠肉眼观察。
7 E* A5 [& ~5 L6 e3 d8 @II所指为背底以下和以上的面积，可以用来粗略估计样品的结晶度。
2 M' L' O$ i. w+ E: L0 w以上完成后点击“removal"即可。
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; `' [0 _; P. I# tNo 4 寻峰和峰型拟合

  S' h: Z6 h& B. `1寻峰
+ g# G- U3 z! H  p0 a9 m- ^在寻峰之前最好用标样校正过2theta值，这些都是仪器操作人员的事情，我就不说了。
打开analyze/find peaks，或右键单击快捷工具栏中的图标。出现一个悬浮框，在“search”里面可以对寻峰的判据进行设置，大家可以改动不同的限制条件，然后按“apply”看看有什么变化。在“Label”里面主要是可以选定标注的内容，如d值，2 theta值，半峰宽，强度等，这些大家多试几次就OK了。如果要将寻峰结果列出，按下“report”即可。
也可以自己手动直接在图谱上标峰，大家可以看到有一个悬浮式快捷编辑框“edit toolbar”，左键点击第3个图标。然后就可以直接在峰顶标注，如果同时按住“Ctrl”键，则可以在图谱的任何位置上进行标注。如果要去掉某个峰的标注，则用鼠标将竖线拖到与峰的标注线重叠，出现红颜色之后点击右键即可。如果要删除所有的峰的标注，在窗口中点击右键，选定”Erase all”即可。
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2 峰型拟合
! i9 i* _) I& q: _# A如果要得到精确的峰型，峰位信息，一般都要经过峰型拟合，JADE提供了单峰拟合的功能。在峰型拟合前不要进行平滑和扣背底，也不主张预先自动寻峰。
就像前面一位朋友说的，对于重叠峰的分离比较有难度，也可能会导致软件“罢工”（我也遇到过这种情况），但对于多数人来说，峰型拟合就等同于分峰，因此面对重叠峰是不可避免的，我的建议是高角度的峰舍弃，并且分峰要一小段接一小段地进行（背底严重的除外）。
先在图谱上选好角度范围，在编辑栏中左键点击第7个图标，然后再右键点击，将出现一个峰型拟合的工作框（也可通过analyze/fit peak profile），然后选定你的峰（注意排除Kalfa2）或者按下“initialize”，再按下“refine”即可。有时不管怎样似乎都拟合不好，此时可在工作框中调整峰型函数，以及“Exponent”和“lorentzian”的值，也可以调整背底的类型等，另外，可以重新确定峰位，去掉一个计算峰也可以用鼠标的右键。拟合好坏的标准除了看R因子外，主要是观察差值线。
按下“report”直接查看结果，里面也有一些设置，如要修正的参数，晶粒大小计算的根据等，大家在实践中多试试，看看结果会有什么不同。在结果的列表中，选定复选框可以将该峰定义为背底，一行被选定（在图谱上该峰的标注线显示红色），按下“Erase”删除，其它栏目大家都比较熟悉，最后一项为晶粒大小的计算结果，要注意的是，这种晶粒大小的计算是建立在仪器的实际宽化曲线已存入的基础上的，否则就按默认的仪器曲线（软件自带），但不同仪器有不同的宽化曲线，因此最好自己建立，这也是仪器操作人员的事情，我就不多讲了，如果有朋友感兴趣，可以和我直接交流。再后面的事就是按下“export”进行保存了。

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# e" {* n. S. k' e4 y大家好！
非常抱歉很久没有上来与大家交流了，这期间我自己的电脑坏了，然后又发生了几件对我来说很重要的人生大事，心绪一直难以平静地转移到学术上来。这期间也有很多朋友给我发来E－mail，我很感激他们对我的信任，对于他们提出的问题，我将一一在以后的文章中给予建议，也欢迎大家继续与我交流。
大家都很关注在Jade中如何进行晶胞修正的问题，实际上，晶胞修正和指标化是结合在一起的，因此，如果大家不是对已知晶系很有把握的话，最好在修正之前都预先进行指标化以判断或确证晶系。
* D0 }; R$ d  @- q3 z3 ]. j8 G在指标化之前，大家有几项工作需预先进行，一是2theta校正（用标样即可）；二是相分析，如果是二相甚至多项共存，则归属峰的时候要非常仔细。三是峰型拟合确定峰位（如果有重叠峰则更加必要）；我个人认为，指标化最关键的一步是确定峰位，选取的峰最好是低角度的独立峰，而且选取的峰的数量并非多多益善，只要满足了不同的晶系要求即可，遇到重叠峰的时候一定要小心！
做好上述工作之后，下一步就是options/pattern indexing，出现一个面板，在你的晶系前划勾，然后选择指标化方式，建议是从快（rapid indexing）到慢（exhaustive indexing），再下面有2 theat error一栏，如实填上即可，晶胞参数最大值最好填的大一点，其它的按默认，另外，对于一些做有机大分子晶体的朋友来说，晶胞密度可能比较重要，那就要把Z值和化学式输入，根据晶胞体积软件会自动给出的。
完成上述步骤之后，就“go”吧，软件会按照一定的排列方式将很多种可能的结果一一列出来，fm值越小，结果的可信度就越高，有时会发现你认为正肯定确的空间群没有出现在结果中，不要紧，在"space group"旁边有一个'?'，点击它一些，看看有没有找到，晶体学上，很多空间群都统属于同一点群，因此在指标化时，它们都是等同的。当你选取其中的一个指标化结果时，相应的就会在图谱上出现一系列黄色的指标化的衍射峰位，你可以一一与实际的衍射位对应，看看结果是否准确。有时一个结果也没有得到，有可能的原因是选取得峰不对，2theta偏差不对，选择的晶系不对，也有可能最大晶胞值太小，或者fm截取值太低的缘故。那就重新再来吧。
* p4 E9 m( v. V8 j; Q# X接下来的事情就比较容易了，先选定正确的结果（蓝），点击“Refine”，出现“Cell Refinement”的控制面板，再点击Refine，你就可以得到精确的晶胞参数，esd表示的是标准偏差。
如果你已知了空间群，并且选峰正确（手动），那么你也可以直接“options”/“Cell Refinement”/Refine，打开‘reflections'，看看偏差多大，它可以作为指标化和晶胞修正的结果输出。
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NO.5 物相鉴定
! T8 u2 J- n; u6 O+ D我以前用过专门的PDF软件做物相鉴定，但是感觉比较费神，最重要的是不能导入实验的衍射谱，除三强线外的其它谱线要靠人工去和标准谱一一对应，给准确判定带来不少困难。JADE在这方面还是蛮出色的，只需轻点鼠标，很快就能出结果，并且非常直观，易于判别，这主要得益于它具有强大的图谱处理综合功能以及先进的图谱鉴定方法，在此不作多讲，主要说说如何具体运用。
0 ]8 s6 ^6 X: w5 ]: A; Z. F; @. [在进行物相鉴定之前，最好尽量多地知道样品的元素信息，有很多朋友在作定性分析之前，总是不愿意告知元素组成，甚至有人要用XRD去判别元素，这些都是对XRD物相鉴定的一种曲解。XRD的作用对象只能是“相”，而且是“结晶相”。同一种结构，往往它的化学组成形式可以有成百上千种，而同一个化学组成，它也可以存在多种结构，前一个问题的解决主要靠化学分析，后一个问题的解决则非XRD莫属（TEM也能，但不普遍）。
在进行物相鉴定之前，预先作背底扣除，最好不平滑。右键点击工具栏上的“S/M”，出现一设置面板，“General”里面首先是样品类别的选定，一般而言，我都将类选得大一些，以防不测。除了物性类别外，其它的还有诸如计算谱，结构被无机晶体结构数据库收录的图谱等。再下面是一些复选框，如单相鉴定，有否择优取向，是否自动匹配，以及化学元素限定等等。最后一项是最常用到的，复选“use Chemistry”，点击“Chemistry”，出现元素周期表，直接点击你确定的元素，一次为“可能”有，二次为“肯定”有，建议点击一次变为蓝色即可，然后“OK”。除Chemistry外，其它的诸如Formula，Unit Cell等等也可以，但都不常用。对于一般的用户来说，完成上述操作即能进行下一步的工作。
点击设置面板上的“OK”，将出现检索结果，一般默认按可信度排列，点击名称，在图谱上就会出现对应的谱线，在复选框内打勾，就表示选定。到此为止，基本的操作就算完成，还有一些比较高级的应用，我就不多讲了，欢迎提出问题，我愿一一与大家共同讨论